Este problema conhecido foi traduzido automaticamente do inglês.

Quando a administração de uma conta muda o pedido aplicando descontos no valor e não nos itens usando API o e-mail de Pedido de Mudança não está sendo enviado ao cliente final.

Para simular este cenário, você precisa alterar o valor do pedido usando API. https://developers.vtex.com/vtex-rest-api/reference/orders#registerchange

Não há solução para este caso.