Conforme detalhado no artigo Catalogação de Produtos para Marketplace, após a ativação de um SKU no marketplace, o SKU passa a ser do catálogo do marketplace. 

Com isso, o SKU poderá ser referenciado em diversas áreas do marketplace e a inativação do item poderia causar inconsistências na base.

Ou seja, a inativação deve sempre ocorrer em dois locais para que cada catálogo realize as devidas ações de inativação, na VTEX e no marketplace.